Enero de 2118. La inspectora jefe del Departamento de Investigación Criminal, Akane Tsunemori, recibe un informe sobre un incidente en un buque extranjero: se ha descubierto el cadáver de la profesora Milicia Stronskaya. Detrás del incidente se encuentra un grupo conocido como los Pacificadores, una organización paramilitar extranjera y una nueva amenaza exterior que tienen como objetivo los documentos de investigación de la profesora conocidos como el "Documento Stronskaya".
Reunida con Shinya Kogami, un antiguo fugitivo del Departamento de Investigación Criminal, Akane se enfrenta a un caso que rápidamente supera sus expectativas. Los Documentos Stronskaya podrían revelar una verdad que sacudiría al gobierno de Japón, e incluso al Sistema Sibyl, hasta la médula.
Es en esta historia jamás contada donde se revela el eslabón perdido.
